L’homme est mort. Il s’est figé. Il est resté ainsi pendant des millénaires. Il grandit désormais dans une boîte de Pétri.
Cela ressemble à une scène d’un film d’horreur, mais c’est de la biologie. Et c’est spécifique. Les chercheurs ont réussi à cultiver des microbes dormants provenant du corps d’Ötzi, la célèbre momie de la période glaciaire trouvée dans les Alpes. Ce n’est pas seulement une astuce de laboratoire. Il offre un rare aperçu de la santé des humains qui ont vécu à l’âge du cuivre, il y a environ 5 300 ans.
Pourquoi nous avons besoin d’ADN ancien (et de bactéries vivantes)
La plupart des études sur les humains anciens reposent sur le séquençage de l’ADN. Nous lisons le code génétique laissé derrière nous. C’est utile. Cela nous renseigne sur l’ascendance, les traits physiques et certaines maladies. Mais l’ADN est un enregistrement. C’est statique.
Les microbes vivants sont différents. Ils sont dynamiques. Ils réagissent. Ils évoluent.
En ramenant à la vie ces anciennes bactéries, les scientifiques peuvent faire quelque chose que le séquençage seul ne peut pas faire : étudier le fonctionnement de ces agents pathogènes. Ont-ils attaqué ? Quelle était la force de la réponse immunitaire de l’hôte ? Était-ce un résident naturel de l’intestin ou un envahisseur ?
« Dormant signifie inactif au point où les fonctions normales du corps sont suspendues », indique la définition standard. Pour les microbes d’Ötzi, cette suspension a duré cinq mille ans.
Le contexte de l’âge du cuivre
Ötzi appartient à l’âge du cuivre. Il s’agit de la période de transition entre l’âge de pierre et l’âge du bronze, qui s’étend approximativement de 4 500 avant notre ère. à 3500 avant notre ère. Les humains commençaient à fabriquer des outils et des armes en cuivre. Ils vivaient également plus près les uns des autres. Agriculture. L’élevage.
Ces conditions modifient le microbiome.
Le microbiome est l’ensemble des bactéries, virus et champignons qui vivent à l’intérieur et sur nous. Il ne s’agit pas seulement d’une liste de passagers. C’est un écosystème actif. Elle influence la digestion, l’immunité, voire le comportement. Lorsqu’un être humain meurt, cet écosystème s’effondre ou change rapidement. La décomposition prend le dessus.
Ötzi est une exception. Son corps a été conservé dans un glacier. Glace. Froid. Sec. Ces éléments ont ralenti la décomposition. Ils maintenaient les microbes dans un état de dormance plutôt que de destruction.
Comment réveiller les germes anciens ?
Vous ne pouvez pas simplement décongeler une momie et espérer le meilleur. Le processus nécessite de la précision.
Les chercheurs ont prélevé des échantillons du corps de la momie. Plus précisément, ils ont recherché la vie microbienne dans les tissus et sur la peau. L’environnement d’un glacier est rude. Radiation. Exposition aux UV. Temps. Ces facteurs endommagent l’ADN. Mais certains microbes sont coriaces.
En laboratoire, les scientifiques ont fourni les bons nutriments. La bonne température. La bonne ambiance. Ils ont simulé les conditions que ces bactéries auraient pu connaître dans les années 3300 avant notre ère.
Certains ont grandi.
Cela prouve que ces organismes ont survécu dans un état dormant. Ils attendaient. Pas pour quelque chose de précis. J’attends juste un hôte. Ou un milieu de culture.
Quels microbes ont survécu ?
L’étude a identifié des types spécifiques de bactéries. Pas seulement la « flore intestinale » générale. Nous parlons d’espèces distinctes. Certains d’entre eux étaient des agents pathogènes connus. D’autres étaient des commensaux – des bactéries qui vivent sur l’hôte sans causer de dommages, du moins normalement.
Par exemple, des chercheurs ont recherché la bactérie Treponema, responsable de la syphilis et du pian. Les preuves génétiques étaient solides, mais cultiver du Treponema vivant est notoirement difficile. La croissance vivante d’Ötzi a fourni une confirmation supplémentaire des découvertes génétiques. Cela a comblé le fossé entre la théorie et la réalité.
Il répond à la question : « Cette bactérie était-elle réellement vivante, ou simplement de la matière morte ? »
C’était vivant.
Pourquoi c’est important pour la médecine moderne
Nous dépensons des milliards pour lutter contre la résistance aux antibiotiques. De nouveaux agents pathogènes apparaissent. Les anciens reviennent. Nous ne comprenons pas entièrement la stabilité à long terme des génomes bactériens.
Les microbes anciens offrent une base de référence. Un groupe témoin du passé. En comparant le génome d’anciennes bactéries vivantes avec des souches modernes, nous pouvons suivre l’évolution. Nous pouvons voir comment ces organismes ont changé à mesure que la société humaine évoluait. À mesure que l’agriculture se développait. Avec l’ouverture des routes commerciales.
La fusion du cuivre a-t-elle affecté le biome intestinal ? Les conditions de vie surpeuplées ont-elles propagé de nouvelles maladies ? Les réponses sont dans l’ADN. Mais ils le sont aussi dans le comportement des cellules vivantes.
“L’environnement peut faire référence à la météo et à l’écosystème… ou à la température et à l’humidité”, note la source. En laboratoire, nous contrôlons ces variables pour isoler la réponse microbienne.
Le facteur de risque
Est-ce que cela présente un danger ? Ces microbes ressuscités pourraient-ils s’échapper et nous infecter aujourd’hui ?
Probablement pas. Pas facilement.
Notre système immunitaire a évolué. Notre flore intestinale est différente. Ces anciennes bactéries sont adaptées à un hôte humain de l’âge du cuivre. Leur physiologie a peut-être dérivé. Leurs protéines de surface pourraient ne pas se lier à nos cellules modernes de la même manière. Ce sont des reliques. Fragile. Probablement surpassé par les variétés modernes.
Toutefois, « probable » ne signifie pas « jamais ».
Le risque de libérer un agent pathogène dormant est faible, mais pas nul. C’est pourquoi des protocoles stricts de biosécurité ne sont pas négociables. Ces expériences sont réalisées dans des laboratoires à haut confinement. Pas de plans de travail ouverts. La science est précieuse. Le danger est géré.
Et les autres momies ?
Si cela a fonctionné pour Ötzi, pourquoi pas pour Toutankhamon ? Ou les momies péruviennes ?
Cela dépend de l’environnement. La conservation nécessite des conditions spécifiques. Froid extrême. Sécheresse. Manque d’oxygène. La glace des glaciers fournit les trois. Les sables du désert en fournissent. Les corps des tourbières en fournissent d’autres, mais la tourbe acide peut détruire l’ADN et tuer rapidement les microbes.
Ötzi a eu de la chance. Il est tombé dans une crevasse. La glace l’a scellé. Il était figé dans le temps. La plupart des autres corps pourrissent. Leurs communautés microbiennes se déplacent. Le dossier est perdu.
Nous n’avons qu’un seul Ötzi. Et maintenant, nous avons ses bugs.
L’avenir de la paléomicrobiologie
Cette étude n’est pas un hasard. C’est une preuve de concept.
À mesure que les techniques s’améliorent, nous
